aa fitness heatmap dashboard

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.20.4%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22full%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%20%20%20%20import%20warnings%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%20%20%20%20alt.data_transformers.disable_max_rows()%0A%20%20%20%20%23%20Suppress%20narwhals%2Faltair%20compatibility%20warning%20(marimo%20wraps%20DataFrames%20in%20narwhals)%0A%20%20%20%20warnings.filterwarnings(%22ignore%22%2C%20message%3D%22You%20passed%20a.*narwhals%22)%0A%20%20%20%20%23%20In%20WASM%20(Pyodide)%20fetch%20files%20over%20HTTP%20relative%20to%20the%20page%20URL%3B%0A%20%20%20%20%23%20locally%20they're%20one%20level%20up%20from%20the%20notebooks%2F%20directory%0A%20%20%20%20if%20%22pyodide%22%20in%20sys.modules%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20js%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Pyodide%20runs%20in%20a%20Web%20Worker%3B%20js.location.href%20is%20the%20worker%20script%20URL%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20(e.g.%20https%3A%2F%2Fhost%2Fpath%2Fassets%2Fworker.js).%20Strip%20from%20%2Fassets%2F%20onward%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20to%20recover%20the%20page%20base%20URL.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base%20%3D%20str(js.location.href).rsplit(%22%2Fassets%2F%22%2C%201)%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20DATA_DIR%20%3D%20_base.rstrip(%22%2F%22)%20%2B%20%22%2Fresults%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20DATA_DIR%20%3D%20%22..%2Fresults%22%0A%20%20%20%20return%20DATA_DIR%2C%20alt%2C%20mo%2C%20pd%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(DATA_DIR%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20import%20io%2C%20urllib.request%20as%20_urllib%0A%20%20%20%20%23%20Explode%20overlapping-ORF%20rows%20(e.g.%20%22NEP%3BNS1%22)%20on%20all%20four%20joined%20columns%0A%20%20%20%20%23%20Read%20via%20urllib%20%2B%20StringIO%20to%20prevent%20pandas%20double-decompressing%20gzip%20responses%0A%20%20%20%20_url%20%3D%20f%22%7BDATA_DIR%7D%2Faa_fitness_effects.csv%22%0A%20%20%20%20if%20_url.startswith(%22http%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20_urllib.urlopen(_url)%20as%20_r%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20pd.read_csv(io.StringIO(_r.read().decode(%22utf-8%22))%2C%20keep_default_na%3DFalse)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20pd.read_csv(_url%2C%20keep_default_na%3DFalse)%0A%20%20%20%20for%20_col%20in%20%5B%22gene%22%2C%20%22codon_site%22%2C%20%22wt_aa%22%2C%20%22mut_aa%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%5B_col%5D%20%3D%20df%5B_col%5D.str.split(%22%3B%22)%0A%20%20%20%20df%20%3D%20df.explode(%5B%22gene%22%2C%20%22codon_site%22%2C%20%22wt_aa%22%2C%20%22mut_aa%22%5D)%0A%20%20%20%20df%5B%22codon_site%22%5D%20%3D%20df%5B%22codon_site%22%5D.astype(int)%0A%20%20%20%20return%20(df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(DATA_DIR)%3A%0A%20%20%20%20import%20json%0A%20%20%20%20import%20urllib.request%0A%20%20%20%20_url%20%3D%20f%22%7BDATA_DIR%7D%2Freference_aa.json%22%0A%20%20%20%20if%20_url.startswith(%22http%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20urllib.request.urlopen(_url)%20as%20_f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_raw%20%3D%20json.load(_f)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20open(_url)%20as%20_f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Keys%20are%20%22GENE%3ASUBTYPE%22%3B%20codon%20sites%20are%20string%20keys%20-%3E%20convert%20to%20int%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_raw%20%3D%20json.load(_f)%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20accessions%20before%20converting%20site%20keys%0A%20%20%20%20aa_accessions%20%3D%20_raw.pop(%22_accessions%22%2C%20%7B%7D)%0A%20%20%20%20reference_aa_table%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20key%3A%20%7Bint(k)%3A%20v%20for%20k%2C%20v%20in%20sites.items()%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20key%2C%20sites%20in%20_raw.items()%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20return%20aa_accessions%2C%20reference_aa_table%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20HA_SUBTYPES%20%3D%20%5B%22H1%22%2C%20%22H3%22%2C%20%22H5%22%2C%20%22H7%22%2C%20%22H9%22%5D%0A%20%20%20%20NA_SUBTYPES%20%3D%20%5B%22N1%22%2C%20%22N2%22%2C%20%22N6%22%2C%20%22N8%22%2C%20%22N9%22%5D%0A%20%20%20%20PROTEINS%20%3D%20%5B%22HA%22%2C%20%22NA%22%2C%20%22NP%22%2C%20%22PA%22%2C%20%22PB1%22%2C%20%22PB2%22%2C%20%22M1%22%2C%20%22M2%22%2C%20%22NS1%22%2C%20%22NEP%22%5D%0A%0A%20%20%20%20protein%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3DPROTEINS%2C%20value%3D%22HA%22%2C%20label%3D%22Protein%22)%0A%20%20%20%20return%20HA_SUBTYPES%2C%20NA_SUBTYPES%2C%20protein%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(HA_SUBTYPES%2C%20NA_SUBTYPES%2C%20mo%2C%20protein)%3A%0A%20%20%20%20if%20protein.value%20%3D%3D%20%22HA%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_opts%2C%20_default%20%3D%20HA_SUBTYPES%2C%20%22H1%22%0A%20%20%20%20elif%20protein.value%20%3D%3D%20%22NA%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_opts%2C%20_default%20%3D%20NA_SUBTYPES%2C%20%22N1%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_opts%2C%20_default%20%3D%20%5B%22all%22%5D%2C%20%22all%22%0A%0A%20%20%20%20subtype%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3D_opts%2C%20value%3D_default%2C%20label%3D%22Subtype%22)%0A%20%20%20%20return%20(subtype%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20HOSTS%20%3D%20%5B%22all%22%2C%20%22human%22%2C%20%22avian%22%5D%0A%20%20%20%20host%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3DHOSTS%2C%20value%3D%22all%22%2C%20label%3D%22Host%22)%0A%20%20%20%20min_count%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%20stop%3D200%2C%20step%3D5%2C%20value%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Min%20count%20(actual%20or%20expected)%22%2C%20show_value%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20host%2C%20min_count%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(aa_accessions%2C%20protein%2C%20reference_aa_table%2C%20subtype)%3A%0A%20%20%20%20_ref_subtype%20%3D%20subtype.value%20if%20protein.value%20in%20(%22HA%22%2C%20%22NA%22)%20else%20%22all%22%0A%20%20%20%20_key%20%3D%20f%22%7Bprotein.value%7D%3A%7B_ref_subtype%7D%22%0A%20%20%20%20reference_aa%20%3D%20reference_aa_table.get(_key%2C%20%7B%7D)%0A%20%20%20%20reference_aa_accession%20%3D%20aa_accessions.get(_key%2C%20%22%22)%0A%20%20%20%20return%20reference_aa%2C%20reference_aa_accession%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20host%2C%20min_count%2C%20protein%2C%20reference_aa%2C%20subtype)%3A%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20df%5Bdf%5B%22gene%22%5D%20%3D%3D%20protein.value%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Host%20filter%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20_df%5B_df%5B%22host%22%5D%20%3D%3D%20host.value%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Subtype%20filter%0A%20%20%20%20if%20protein.value%20in%20(%22HA%22%2C%20%22NA%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20_df%5B_df%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20subtype.value%5D%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20_df%5B_df%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20%22all%22%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Count%20filter%0A%20%20%20%20_count_mask%20%3D%20(_df%5B%22expected_count%22%5D%20%3E%3D%20min_count.value)%20%7C%20(_df%5B%22actual_count%22%5D%20%3E%3D%20min_count.value)%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20_df%5B_count_mask%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Reference%20filter%3A%20only%20show%20mutations%20where%20wt_aa%20matches%20the%20reference%0A%20%20%20%20%23%20sequence%20amino%20acid%20(applied%20to%20all%20mutation%20classes)%0A%20%20%20%20if%20reference_aa%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20_df%5B_df%5B%22codon_site%22%5D.map(reference_aa)%20%3D%3D%20_df%5B%22wt_aa%22%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20plot_data%20%3D%20_df.copy()%0A%20%20%20%20return%20(plot_data%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20plot_data)%3A%0A%20%20%20%20AA_ORDER%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22K%22%2C%20%22R%22%2C%20%22H%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20positively%20charged%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22D%22%2C%20%22E%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20negatively%20charged%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22N%22%2C%20%22Q%22%2C%20%22S%22%2C%20%22T%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20polar%20uncharged%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22P%22%2C%20%22G%22%2C%20%22A%22%2C%20%22V%22%2C%20%22L%22%2C%20%22I%22%2C%20%22M%22%2C%20%20%23%20nonpolar%20aliphatic%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22F%22%2C%20%22W%22%2C%20%22Y%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20aromatic%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22C%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20cysteine%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22*%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20stop%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20color_scale%20%3D%20alt.Scale(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20scheme%3D%22redblue%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20domainMid%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20domainMin%3D-6%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20domainMax%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20clamp%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Brush%20on%20quantitative%20x%20so%20numeric%20interval%20selection%20works%20correctly%0A%20%20%20%20site_brush%20%3D%20alt.selection_interval(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20encodings%3D%5B%22x%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mark%3Dalt.BrushConfig(stroke%3D%22black%22%2C%20strokeWidth%3D2)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Panel%201%3A%20site%20zoom%20bar%20---%0A%20%20%20%20_sites_df%20%3D%20plot_data%5B%5B%22codon_site%22%5D%5D.drop_duplicates().sort_values(%22codon_site%22)%0A%20%20%20%20site_zoom_bar%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_sites_df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_rect(color%3D%22%23BB86FC%22%2C%20opacity%3D0.6)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(x%3Dalt.X(%22codon_site%3AQ%22%2C%20title%3DNone%2C%20axis%3DNone%2C%20scale%3Dalt.Scale(zero%3DFalse%2C%20nice%3DFalse)))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(site_brush)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(width%3D900%2C%20height%3D20%2C%20title%3D%22Drag%20to%20zoom%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Panel%202%3A%20site-level%20line%20plot%20(mean%20nonsynonymous%20fitness%20per%20site)%20---%0A%20%20%20%20_site_agg%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_data%5Bplot_data%5B%22mut_class%22%5D%20%3D%3D%20%22nonsynonymous%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby(%22codon_site%22%2C%20as_index%3DFalse)%5B%22delta_fitness%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mean()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B%22delta_fitness%22%3A%20%22mean_fitness%22%7D)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20lineplot%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_site_agg)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_line(point%3Dalt.OverlayMarkDef(color%3D%22%23BB86FC%22%2C%20filled%3DTrue)%2C%20opacity%3D0.9%2C%20color%3D%22%23BB86FC%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(site_brush)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X(%22codon_site%3AQ%22%2C%20title%3D%22Site%22%2C%20scale%3Dalt.Scale(zero%3DFalse%2C%20nice%3DFalse))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22mean_fitness%3AQ%22%2C%20title%3D%22Mean%20nonsynonymous%20fitness%20effect%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(zero%3DFalse))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22codon_site%3AQ%22%2C%20title%3D%22Site%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22mean_fitness%3AQ%22%2C%20title%3D%22Mean%20nonsynonymous%20fitness%20effect%22%2C%20format%3D%22.3f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(width%3D900%2C%20height%3D130)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Panel%203%3A%20per-mutation%20heatmap%20---%0A%20%20%20%20%23%20Background%3A%20grey%20bar%20per%20site%20to%20indicate%20sites%20that%20have%20data%0A%20%20%20%20_sites_only%20%3D%20plot_data%5B%5B%22codon_site%22%5D%5D.drop_duplicates()%0A%20%20%20%20background%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_sites_only)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_bar(color%3D%22lightgray%22%2C%20opacity%3D0.2%2C%20width%3D%7B%22band%22%3A%201.0%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(site_brush)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(x%3Dalt.X(%22codon_site%3AO%22%2C%20title%3D%22Site%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(labelOverlap%3DTrue%2C%20labelAngle%3D0)))%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Colored%20rectangles%20%E2%80%94%20color%20scale%20clamps%20display%3B%20actual%20values%20shown%20in%20tooltip%0A%20%20%20%20heatmap_rects%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(plot_data)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_rect()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(site_brush)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X(%22codon_site%3AO%22%2C%20title%3D%22Site%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(labelOverlap%3DTrue%2C%20labelAngle%3D0))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22mut_aa%3AN%22%2C%20title%3D%22Mutant%20AA%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3DAA_ORDER)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(grid%3DTrue%2C%20tickBand%3D%22extent%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gridColor%3D%22%23333333%22%2C%20gridWidth%3D2))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.Color(%22delta_fitness%3AQ%22%2C%20scale%3Dcolor_scale%2C%20title%3D%22Fitness%20effect%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22codon_site%3AO%22%2C%20title%3D%22Site%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22wt_aa%3AN%22%2C%20title%3D%22Ref%20AA%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22mut_aa%3AN%22%2C%20title%3D%22Mut%20AA%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22delta_fitness%3AQ%22%2C%20title%3D%22Fitness%20effect%22%2C%20format%3D%22.3f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22actual_count%3AQ%22%2C%20title%3D%22Actual%20count%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22expected_count%3AQ%22%2C%20title%3D%22Expected%20count%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Wildtype%20(reference)%20markers%3A%20%22x%22%20at%20each%20(site%2C%20ref_aa)%20position%0A%20%20%20%20_wt_df%20%3D%20plot_data%5B%5B%22codon_site%22%2C%20%22wt_aa%22%5D%5D.drop_duplicates()%0A%20%20%20%20wt_marks%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_wt_df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_text(text%3D%22x%22%2C%20color%3D%22black%22%2C%20fontSize%3D10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(site_brush)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X(%22codon_site%3AO%22%2C%20axis%3Dalt.Axis(labelOverlap%3DTrue%2C%20labelAngle%3D0))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22wt_aa%3AN%22%2C%20scale%3Dalt.Scale(domain%3DAA_ORDER))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20heatmap%20%3D%20(background%20%2B%20heatmap_rects%20%2B%20wt_marks).properties(width%3Dalt.Step(16)%2C%20height%3D320)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Final%20composition%20---%0A%20%20%20%20chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.vconcat(site_zoom_bar%2C%20lineplot%2C%20heatmap%2C%20spacing%3D4)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.resolve_scale(color%3D%22independent%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_axis(grid%3DFalse%2C%20labelOverlap%3D%22parity%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_view(stroke%3DNone)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure(padding%3D10)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20chart%2C%0A%20%20%20%20host%2C%0A%20%20%20%20min_count%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20plot_data%2C%0A%20%20%20%20protein%2C%0A%20%20%20%20reference_aa_accession%2C%0A%20%20%20%20subtype%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20_n_muts%20%3D%20len(plot_data)%0A%20%20%20%20_n_sites%20%3D%20plot_data%5B%22codon_site%22%5D.nunique()%0A%20%20%20%20_acc%20%3D%20reference_aa_accession%20or%20%22%E2%80%94%22%0A%20%20%20%20summary%20%3D%20mo.md(f%22**%7B_n_muts%7D%20mutations%20shown%20across%20%7B_n_sites%7D%20sites%20(reference%20sequence%3A%20%7B_acc%7D).**%22)%0A%0A%20%20%20%20if%20protein.value%20in%20(%22HA%22%2C%20%22NA%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20controls%20%3D%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bprotein%2C%20subtype%2C%20host%2C%20min_count%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20controls%20%3D%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bprotein%2C%20host%2C%20min_count%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20description%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Fitness%20effects%20of%20amino-acid%20mutations%20to%20influenza%20virus%20proteins%0A%0A%20%20%20%20This%20dashboard%20shows%20the%20fitness%20effects%20of%20amino-acid%20mutations%20to%20influenza%20proteins%2C%20as%0A%20%20%20%20estimated%20in%20Haddox%20et%20al.%2C%202026.%0A%0A%20%20%20%20**Fitness%20effects**%20are%20estimated%20as%20the%20log%20ratio%20of%20actual%20to%20expected%20mutation%20counts%0A%20%20%20%20at%20each%20site.%20Actual%20counts%20correspond%20to%20the%20number%20of%20times%20a%20mutation%20is%20observed%0A%20%20%20%20to%20occur%20along%20the%20branches%20of%20a%20phylogenetic%20tree%2C%20and%20expected%20counts%20are%20derived%20from%20a%0A%20%20%20%20model%20that%20estimates%20how%20many%20times%20a%20mutation%20is%20expected%20to%20occur%20under%20neutrality.%0A%20%20%20%20Negative%20values%20(blue)%20indicate%20the%20mutation%20is%20deleterious%2C%20while%20positive%20values%20(red)%0A%20%20%20%20indicate%20the%20mutation%20is%20beneficial.%0A%0A%20%20%20%20**How%20to%20use%3A**%0A%20%20%20%20-%20Select%20a%20**protein**%2C%20**subtype**%20(for%20HA%2FNA)%2C%20and%20**host**%20with%20the%20dropdowns.%0A%20%20%20%20-%20Use%20**Min%20count**%20to%20hide%20mutations%20with%20low%20counts.%20The%20dashboard%20will%20only%20show%20mutations%0A%20%20%20%20%20%20with%20at%20least%20the%20indicated%20number%20of%20actual%20or%20expected%20counts.%0A%20%20%20%20-%20**Drag**%20the%20purple%20zoom%20bar%20to%20pan%20and%20zoom%20into%20a%20region%20of%20interest.%0A%20%20%20%20-%20The%20**line%20plot**%20shows%20the%20mean%20fitness%20effect%20of%20nonsynonymous%20mutations%20at%20a%20site.%0A%20%20%20%20-%20The%20**heatmap**%20shows%20site-specific%20fitness%20effects%20of%20mutations.%20An%20**%C3%97**%20marks%0A%20%20%20%20%20%20the%20reference%20amino%20acid%20at%20each%20site.%0A%20%20%20%20-%20**Hover**%20over%20any%20point%20or%20cell%20for%20detailed%20values.%0A%0A%20%20%20%20The%20heatmap%20shows%20mutations%20to%20a%20specific%20reference%20sequence%2C%20the%20accession%20of%20which%20is%0A%20%20%20%20given%20in%20the%20summary%20line%20above%20the%20plot.%20The%20full%20dataset%20includes%20additional%20mutations.%0A%0A%20%20%20%20Interactive%20plots%20were%20made%20using%20code%20adapted%20from%20the%0A%20%20%20%20%5Bpolyclonal%5D(https%3A%2F%2Fjbloomlab.github.io%2Fpolyclonal%2F)%20software%20package.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bcontrols%2C%20summary%2C%20mo.ui.altair_chart(chart)%2C%20description%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A